大部分泠卻水系統是開式循環系統，冷卻水與空氣長期接觸，空氣中的0W02、32、1O2、02等氣體便會溶解于泠卻水中并呈現酸性及強氧化性(如伶卻水泵的葉輪出現氣燭現象)，久而久之，冷卻水管、填料表面、集水盤形成一種含有嗜肺軍團菌、t-镕血性鏈球菌、藻類、02的等致病微生物附著物，嚴董的腐蝕水管、污染環境（冷卻塔附近下敢雨)〕。因此清滋時采用若酸性清洗劑，采用5‰的弱酸性除垢劑、緩蝕劑、鍍膜水溶液清洗三遍，清洗程序同上。

通風管道系統的清先是清洗工作中的關鍵難點，因為通風管道一般在吊頂內，即使不在吊頂內因為風管都是密封連接的，也很難清洗。常采用機抹清徙方法。現在常見的清洗方式是從機組的帆布軟連接處將檢測機器人或氣動機器人放置在通風管道內，通過管道外的機器人操控箱控制j通悶管道內的清洗機器人，對于含塵量較多的管道系統還得用鳳管集塵器徹底收集管道中的垃圾,以防止造成二次污染。