系統門窗的各部件都是根據不同性能已經固定好的，挑選的余地相對普通門窗來說比較小，所以靈活性小。普通門窗可以根據自己的需求靈活配置自己的部件。系統門窗是系列化、標準化產品，槽口構造、材料供應等具有很強的排它性和不兼容性，只能根據工程的需求選擇系列，一般不會對單獨項目進行研發。普通門窗材料國內外廠家都可以選擇，也可以臨時開模，靈活性強。

系統門窗的質保期比普通門窗的時間要長些，系統門窗的質量保障除了門窗單位的工程質保外，產品的年限質保。另外，品牌專賣店可以進行簡單的維修。而普通門窗往往是售后無門，門窗故障后業主不知找誰來維修。