醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式的醫院污水處理設備，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒(常用熟石灰消毒)或高溫堆肥后方可用作肥料。

原因醫院污水處理設備不達標一直是危害環境的重要因素。經過有關部門長期調查研究顯現醫院污水處理不徹底主要有下列因素：

1.分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合水還是處理不達標。
2.為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量污泥，往往廢水處理成本中30%---40%是處理污泥所產生。
3.來水PH值變化大，反應池PH控制不穩定。PH不穩定造成沉淀池渾濁。出水水質也跟著不穩定，時好時壞。

4.水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節。比如：來水有問題，不及時停機進行應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配制藥品濃度不按工藝要求配制，為了省事，私自把濃度提高。

5.表面處理行業的產品進行表面處理前，必須先經過大量的前處理，這其中使用的除油粉里含有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉淀池的礬花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉淀池，在PH回調的時候重新溶解進水里，結果造成排放口重金屬離子超標。