水下清淤是指在船上安裝清淤機械設備，可視為一個作業平臺，對河道淤泥進行挖掘和清理，然后通過管道輸送到岸邊垃圾場。可分為抓斗挖泥、泵挖泥、普通絞吸挖泥等。

1)抓斗清淤。這種疏浚方式主要是利用抓斗式挖泥船清理河道泥沙。主要作用機理是利用抓斗挖泥船前臂的抓斗挖掘河底。這種方法多用于開挖泥層厚度較大的河道疏浚，如河道泄洪斷面加大時。與其他清淤方式相比，挖泥船更加靈活，河道中的垃圾、石塊等障礙物對其影響很小，而且施工方便，成本低，幾乎不受天氣條件的影響。但對于泥沙極其松軟的河道，這種疏浚方式會導致大量表層泥沙滲漏，影響疏浚效果。

2)抽水疏通。這種清淤方法，又叫射流抽吸清淤法，是指在筒狀罩內同時安裝水力沖洗水槍和吸泥泵，通過水槍噴出的水攪拌底部淤泥形成泥狀，然后用吸泥泵吸出淤泥，再通過管道輸送到岸邊堆積處。所有這樣的設備都可以安裝在船上，船可以同時滑行和疏浚。另一種泵送方法是用壓縮空氣吸收和清除污泥。在重力作用下，圓柱形下端置于水底。當它落到污泥底部后，施加壓力。在水的靜壓力和泵筒的真空負壓作用下，污泥會被泵筒吸走。這時可以用壓縮空氣將污泥壓入排泥管，然后通過管道輸送到指定地點。與其他疏浚方法相比，這種疏浚方法設備簡單，一般可用于較小河流的疏浚。

3)普通絞吸疏浚。這種清淤主要采用絞吸式挖泥船，通過絞刀對底泥進行旋轉、切割、攪拌形成泥漿，然后通過全封閉管道，由離心泵沿吸管輸送到指定地點。一般這種絞吸法可以用在淤泥層比較厚的河流。由于泥漿在完全封閉的管道中輸送，所以不會發生泥漿泄漏。同時，整個疏浚過程不會影響河道通航。