無論是DFT還是HF方法的模擬，均需選擇合適的基組，此處給出的是較為通用且精度尚可的基組，【前綴】【主詞】【后綴】關(guān)于基組的選用，可參考sob老師的文章“http://sobereva，com/336”，“opt”指本次模擬的具體任務(wù)為結(jié)構(gòu)優(yōu)化，這些命令可根據(jù)情況連用，例如“optfreq”表示首先進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，隨后對優(yōu)化的結(jié)構(gòu)進(jìn)行振動(dòng)分析，該值根據(jù)實(shí)際計(jì)算情況修改即可，例如計(jì)算一個(gè)Cu2+時(shí)為2，計(jì)算苯分子時(shí)為0，計(jì)算一個(gè)SO42-時(shí)為-2。

原子間的連接方式，這些字樣代表原子之間的連接關(guān)系，對于量化模擬毫無意義，故而可直接刪掉，這是由于量化模擬會(huì)在計(jì)算過程中根據(jù)原子各自電子云間的交疊情況自主判斷成鍵形式，因此軟件并不關(guān)心輸入模型中的化學(xué)鍵，換言之，在建模時(shí)，水分子中O和H之間畫成單鍵抑或三鍵，對于計(jì)算結(jié)果沒有任何影響，那么此時(shí)，Results欄中的“Vibrations”可選，從中可以分析分子的所有振動(dòng)形式及對應(yīng)的紅外光譜出峰位置，進(jìn)而生成該分子的理論紅外光譜。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配（核數(shù)、內(nèi)存使用情況）、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計(jì)算過程中輸出信息，對于大多數(shù)含有過渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài)，如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進(jìn)一步判斷。