*補(bǔ)充說(shuō)明：輸入文件，gjf內(nèi)容的zui末尾務(wù)必保證存在空行，否則在計(jì)算過(guò)程中會(huì)報(bào)錯(cuò)，在Linux服務(wù)器中進(jìn)行模擬，通過(guò)SSH遠(yuǎn)程連接服務(wù)器（圖中使用Xshell和Xftp軟件），Xftp用于在本地電腦和服務(wù)器間傳輸文件，在服務(wù)器端選擇合適的路徑建立文件夾并重命名為“H2O_opt”后進(jìn)入該文件夾，將本地電腦端的H2O，隨后“ctrl+c”切出，并用“exit”命令即可關(guān)閉SSH遠(yuǎn)程連接而不導(dǎo)致計(jì)算任務(wù)中斷。

本文將以一些簡(jiǎn)單的例子來(lái)介紹基于Gaussian軟件進(jìn)行模擬的操作流程，并對(duì)其中涉及到的輸入、輸出文件內(nèi)容的關(guān)鍵信息進(jìn)行介紹，軟件安裝，利用Gaussian軟件進(jìn)行量化模擬，一般會(huì)需要安裝3個(gè)軟件，即：Gaussian09，GaussView和Multiwfn三個(gè)軟件，若是打算利用服務(wù)器或超算中心（Linux系統(tǒng)）進(jìn)行計(jì)算，建議在自己的本地電腦上安裝GaussView和Multiwfn，在服務(wù)器上安裝Gaussian主程序即可。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務(wù)的計(jì)算資源分配（核數(shù)、內(nèi)存使用情況）、計(jì)算方法和精度、任務(wù)要求及計(jì)算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計(jì)算結(jié)果的結(jié)構(gòu)模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計(jì)算過(guò)程中輸出信息，對(duì)于大多數(shù)含有過(guò)渡金屬的結(jié)構(gòu)、自由基結(jié)構(gòu)、激發(fā)態(tài)，如二茂鐵、基態(tài)氧分子、羥基自由基等，均為開(kāi)殼層體系，自旋多重度大于1，需做進(jìn)一步判斷。